《温泉的秘密》是一部神秘治愈系漫画，讲述年轻老板娘小夜子继承家族温泉旅馆“汤之宿”，却发现旅馆地下隐藏着一座古老的泉水之神祭祀遗迹。每当月圆之夜，温泉水会变成银色，浸泡者能看到内心最深的愿望。小夜子与来旅馆打工的青年考古学者阿透一起调查遗迹真相，解开温泉与小镇居民命运的联系，同时治愈每一位客人的心灵创伤。
小夜子终于解开泉水之神的封印，银泉光芒消散，温泉恢复普通，但镇上每个人的笑容却更加温暖，神明以另一种形式留了下来。
小夜子和阿透在月圆之夜潜入遗迹，看到泉水倒映出小镇百年前的历史，原来泉水之神一直在守护这个村庄。
一位失明的老奶奶来到旅馆，泡过银泉后竟短暂恢复了视力，看到了已故丈夫的身影，泣不成声。
阿透在仓库地板下发现一条密道，通往地底溶洞，洞壁上刻着古老图腾，与温泉的水温变化吻合。
小夜子第一次看到月圆之夜泉水变成银色，水面上浮现出母亲的身影，母亲多年前失踪，她怀疑与温泉有关。
小夜子在祖母葬礼后决定关闭旅馆，却梦到祖母托梦说“温泉在等你”，她改变主意，重新开门迎客。